これらの境界は絶対的なものではないため、生態系どうしが混ざりあう。その結果、スケールの視点を変えることで、地球全体を一つの生態系と見たり、逆に湖をいくつかの生態系に分割したりすることができる。一般には、見かけのはっきり違う自然環境は、それぞれを独立の生態系と見なす。例えば森林生態系とか、海洋生態系などと呼ぶ。池沼などは、輪郭がはっきりしているので、それを独立したものと見なすのは何となく納得がいくが、実際には多くの物質が流入放出され、また多くの生物が出入りする。そのことを前提にして考える必要はある。生態系を構築する試み生態系は、理想的には外部からの太陽エネルギーの供給のみで、その中に生物群集の生存を維持するしくみと見ることができる。このことは、その群集の構成員として人間を捉えれば、人類が生き延びるしくみそのものである。たとえば、空想的ではあるが、他の星までの宇宙旅行を考える。